¿Cómo cambio el logo?

El logo que aparece en la esquina superior izquierda de cada página viene determinado por la línea de configuración $wgLogo en el archivo LocalSettings.php.

Subir una imagen a tu servidor por otros medios (como puede ser FTP).
Añade la línea $wgLogo a LocalSettings.php; por ejemplo:
$wgLogo = "{$wgScriptPath}/mylogo.jpg";

en el servidor coloque el archivo mulogo.jpg en el mismo lugar que el archivo LocalSettings.php
y le cambie el propietario y grupo a www-data:www-data

reiniciar apache
service apache2 restart 

y funciono